荒海海底机关门的解谜流程需要先完成前置任务神樱大祓，这是进入海底区域的关键条件。在绀田村井下与女巫对话接取任务后，需前往荒海中央大树旁激活三根雷柱，随后跳入中间的圆柱通道进入地底。此处需注意雷柱解谜需让所有柱面图标朝向同一方向，这是开启后续通道的基础条件。进入地底后，神樱大祓任务的机关调整顺序为前1次、左3次、左上2次、右3次、右上2次，严格按照此顺序操作才能正确激活机关。
海底铁门的开启需要找到两个隐藏仙灵，它们分别位于柱子顶部和大祓树左侧区域。仙灵归位后，中心大门会自动开启，这是进入水位解谜区域的重要步骤。在水潭区域，需先完成左侧机关谜题获取宝箱，随后潜入水中找到排列成直线的五个雷元素方碑。这些方碑的初始状态下，只需攻击中间方碑两次即可完成解谜，若顺序被打乱则需重启游戏恢复初始状态。水位下降后会露出新的通道，这是通往海底传送锚点的必经之路。
使用留念镜观察小狐狸雕像是荒海解谜的核心机制之一。在地下区域共有三处小狐狸雕像，观察后会显现雷种子树和隐藏机关。获取雷种子后需穿过屏障，用雷元素攻击大狐狸雕像获取镇物，随后在鸟居处按特定顺序摆放。其中两处樱花图案的灯座需要用留念镜照射小狐狸才会显现，摆放顺序需遵循1号灯座为基准点，其余灯座的樱花数量需通过击打调整至对应数字。完成净化后会出现落武者敌人，击败后才能最终解除结界。
海底传送锚点的激活需要先完成水位下降机关的解谜。从左侧大门进入水潭区域，在楼梯后方可发现第二个雷方碑机关，攻击中间方碑两次即可完全降低水位。水位彻底下降后会露出密室大门，启动机关即可解锁传送点。海底区域的雷神瞳获取需要较高等级的雷种子，这是探索过程中容易忽视的细节。整个解谜过程环环相扣，每个步骤都需严格遵循既定顺序，任何环节出错都可能导致解谜失败。
荒海海底机关解谜涉及多个空间层次的转换，从地面雷柱到地下水位控制，再到最终的海底区域探索，需要玩家具备良好的空间方位感。所有机关机制都围绕雷元素和留念镜两个核心设计，理解这点能显著提升解谜效率。解谜过程中获得的宝箱和雷神瞳等收集要素，是验证解谜正确性的重要标志。整个荒海区域的谜题设计体现了环境叙事的特点，通过机关机制自然引导玩家探索游戏世界的深层秘密。
