船只操作的核心在于理解三种基础控制模式：移动、攻击和特殊指令。移动操作通过点击目标水域或拖动方向舵实现，船只将自动规划路径并避开障碍物。攻击指令分为主动攻击与自动反击两种模式，玩家可手动选择攻击目标或设置自动索敌范围。特殊指令包括阵型调整、维修状态切换和侦察模式启动，这些功能通过屏幕右侧指令栏调用。船只的机动性受地形、天气和损伤状态影响，需实时监控航行日志进行调整。
船只战斗系统采用实时弹道计算机制，炮塔转向速度和射击精度与船员属性直接相关。主炮和副炮可分别锁定不同目标，鱼雷发射需提前计算敌舰航速与航向。防空炮自动拦截空中单位但会消耗弹药储备，深水炸弹需手动投掷且对潜艇有额外伤害加成。战斗时建议关闭自动维修功能以避免资源浪费，优先保护引擎和指挥塔等关键部位。舰载机的起降操作独立于船只控制，需提前规划甲板空间和补给线路。
舰队编组功能允许玩家将多艘船只绑定为战术单位，编队内船只自动保持阵型并同步移动。旗舰设定影响舰队增益效果，不同阵型提供火力、防御或机动性加成。补给船需手动设定补给路线和物资分配比例，运输船队的护航编组建议保持环形防御阵型。舰队指令优先级遵循最近原则，后发出的指令会覆盖前序未执行动作，频繁更改指令可能导致阵型混乱。
高级操作包括利用地形掩护、设置巡逻路线和实施战术撤退。浅水区限制大型舰船活动但适合潜艇伏击，暴风雨天气降低能见度但增加鱼雷射程。巡逻路线可通过设置多个航点实现自动化巡航，撤退指令需提前规划安全路线避免触礁。历史战役模式中部分特殊舰船拥有独特技能，如烟雾释放或雷达干扰，这些技能有冷却时间且消耗特定资源。
船只维护界面可查看详细损伤报告和维修进度，不同部位损伤对性能的影响程度各异。船员经验值通过实战积累，经验等级提升后操作效率和特殊技能解锁进度相应提高。改装选项包括武器更换、装甲强化和引擎升级，改装方案需根据作战需求平衡火力与机动性。船只操作熟练度随使用时间增长，系统会记录各类操作数据并生成改进建议。
